El profesor Pretel, en su obra “El privilegio del Castillo de Peñas de San Pedro” hace referencia al “amojonamiento” del término de Peñas de San Pedro durante el siglo XV, donde en la parte oriental de dicho Castillo, marcaría como límites, las zonas de Nava de Abajo, Judarras, Ontalafia y Sierra San Juan quedando al sur El Pozo del Angosto, que podría ser el actual Campillo de la Virgen y la finca Carrasquilla. También nos hace una breve descripción del interés agrícola de la zona de Alcadozo, Pozohondo y Pozuelo, todo ello en el siglo XVI, estableciéndose en 1558 lo que se denominaría “La Caballería de la Sierra de Peñas” a modo de fuerzas de seguridad para cuidar la zona.
Si hay un hecho que sería de vital importancia para la formación del actual Pozohondo sería, sin lugar a dudas, la localización y uso de los diferentes pozos de agua que aparecieron a lo largo de este siglo. El primero de los que se tiene constancia es el llamado “Hoya de Naviagua” en Nava de Arriba y el Pozo del Pilar, ubicado en la actual finca de Mata Navarro. Si bien, el que tendría más aceptación estaría ubicado en el actual Pozohondo, que contaría con alto número de acequias que repartían el agua, además de tener un abrevadero. Esta es la primera alusión directa que se hace a Pozohondo, documentación fechada en 1558, donde se dice que se tiene que dar agua a los ganados de Pozohondo y Peñas de San Pedro al ser un pozo con “agua a bonda” información que se cita en un escrito de 1896, de fecha 30 de mayo, en el que se hace referencia a una ordenanza del día 29 de diciembre de 1558, donde se recoge la recopilación de datos sobre los montes de Peñas de San Pedro, haciendo mención a los pozos de El Pilar, Nava de Almez, Pozohondo y Pozo de Angostos.
Nacerán junto a estos pozos o abrevaderos las pequeñas localidades de Alcadozo, Pozuelo y Pozohondo, citándose la “Nava de Almez”, que sería la actual Nava de Arriba, llamada también Nava de Armas, o como es conocida por la historia o tradición oral de que esta Nava de Arriba pudiera haberse llamado “Nava del Pilar”.
En 1718 se crea la llamada provincia de la Mancha, topónimo de origen musulmán que significa “tierras sin agua” (Arroyo Llera, F.2006), y será en un documento fechado el 6 de febrero de 1753 (AHP ab Sección Catastro de la Ensenada, libro 152) donde se hace referencia al término municipal del Castillo de Peñas siendo citada la localidad de Pozohondo y la zona de vega de Nava de Abajo, donde se cultiva trigo de mediana calidad, centeno, cebada, avena y garbanzos (Sánchez Ferrer, J. La Santa Cruz del Castillo de las Peñas de San Pedro) documento donde también se referencia a la tradición de “Vestir Cruces” que se celebraba en Pozohondo y Hellín, tratándose de un acompañamiento de los niños con cruces en andas, y que utilizaban para pedir donativos entre los vecinos.
Se sabe que en 1787, Pozohondo era ya una de esas poblaciones que contaba con iglesia propia, si bien el “teniente cura” pertenecía a Peñas de San Pedro, como figura en carta de fecha 17 de febrero de ese año remitida a Tomás López, geógrafo que realizaba estudio del territorio español (López de Vargas Machuca, T.1802) en carta que fue firmada por el capellán Martín Verdejo.